Sep 08, 2023
Version 1
Gewebesammlung Frischgewebe Zystektomie V.1
This protocol is a draft, published without a DOI.
- 1Charité
- Bettina Ergün: Reviewer
Protocol Citation: Annika Fendler, Bettina Ergün 2023. Gewebesammlung Frischgewebe Zystektomie. protocols.io https://protocols.io/view/gewebesammlung-frischgewebe-zystektomie-czrgx53wVersion created by Bettina Ergün
License: This is an open access protocol distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited
Protocol status: Working
We use this protocol and it's working
Created: September 08, 2023
Last Modified: September 08, 2023
Protocol Integer ID: 87560
Keywords: Gewebesammlung, Gewebeaufarbeitung, Blase
Abstract
Dieses Protokoll beschreibt die Schritte für die Sammlung von Frischgewebe, Gefriergewebe (Fresh-frozen), und Blut von Patienten mit Harnblasenkarzinom nach Zystektomie.
Verwandte Dokumente:
Protokoll zur Blutaufarbeitung
Guidelines
Beschreibung der biologischen Proben:
| Probentyp | Kurzbeschreibung Prozess | Zweck | Bemerkung | |
| 1 x koaguliertes Blut in CAT tubes | NA | Aufarbeitung und Lagerung von Serum | Findet im Rahmen der Biobank Sammlung statt. Zuständig: Michela de Martino | |
| 2 x EDTA | NA | Aufarbeitung und Lagerung von Vollblut und Plasma | Findet im Rahmen der Biobank Sammlung statt. Zuständig: Michela de Martino | |
| Frischgewebe | Sammlung in Transportmedium in 15 ml Falcon. | Aufarbeitung zu Tumorfragmenten und/oder Einzelzellen | Zuständig: Annika Fendler, Bettina Ergün | |
| Gefriergewebe (Fresh-frozen) | Sammlung in 2 ml Kryoröhrchen, schockfrosten in LN, Lagerung bei -80°C | Lagerung für verschiedene Anwendungen | Findet im Rahmen der Biobank Sammlung statt. Zuständig: Michela de Martino |
Tabelle 1: zu sammelnde biologische Proben
Einschlusskriterien für Patienten:
-
weitere Richtlinie zur Probenentnahme:
- falls der Tumor zu klein ist: fresh frozen priorisieren
- falls kein Tumor zu erkennen ist: Normalgewebe nur, falls schon TURB-Material vorhanden ist oder falls Bedarf für bestimmte Experimente ist
Verantwortliche:
Sammlung für folgende Arbeitsgruppen:
AG Fendler (Organoide)
Urologische Forschung
Zuständige Labor:
Annika Fendler, Tel.: 515040
Michela de Martino, Tel.: 515040
Bettina Ergün, Tel. 515128/615009
Zuständige Klinik für Urologie:
Antonia Franz
Kira Kornienko, Tel. 615166
Zuständige Pathologie:
Simon Schallenberg, Tel.: 536054
Florian Roßner, Tel.
Sefer Elezkurtaj
Zuständige Klinik für Radiologie:
Markus Lerchbaumer, Tel.: 657084
Kontakt Patientenmanagment
Silvia Stark, Tel.: 615028
Nadine Stremlau, Tel.: 615029
Kontakt Schnellschnitt
Ines Görmar, Tel.: 536136/636136
Materials
Transportmedium
| A | B | C | D | E | |
| Menge | Bestandteil | Cat-No. | Bemerkung | ||
| 500 ml | 98 % | MEM | 31095-029 | ||
| 10,2 ml | 2% | Zellshield (100x) | 13-0050 | vor dem 15.5.2023 wurde nur 1 % Zellshield verwendet |
Gefriermedium
| Menge | Bestandteil | Cat-No. | |
| 10 ml | DMSO | ||
| 90 ml | FBS | FBS. S 0615 |
50 ml Falcons
2 ml Kryoröhrchen (vorgelabelt im Schnellschnitt)
Stanzen 6 mm (hinterlegt im Schnellschnitt)
Gewebeschein + Stifte
Sterile Glas-Petrischale und Pinzette
Before start
Vor der OP:
Patienten werden von Michela de Martino im Rahmen der Biobank Planung identifiziert und gegebenenfalls gemeinsam besprochen.
Die Patientenliste mit Datum der vorstationären Aufnahme wird jeweils am Donnerstag an das Patientenmanagement geschickt.
Wenn ein Patient die EVEs unterschrieben hat und Blut abgenommen wurde, wird in SAP im Bemerkungsfeld für das OP-Personal vermerkt, dass sie die entnommene Blase nativ in das Schnellschnittlabor schicken sollen.
Ebenfalls am Donnerstag der Vorwoche eine Email mit Gewebewünschen an ines.görmar@charite.de aus dem Schnellschnittlabor schicken und ggf. am OP-Tag nochmals telefonische Kontaktaufnahme.
Änderungen im OP-Plan sollten im besten Fall täglich überprüft und mit dem Team abgesprochen werden.
Am Tag der OP:
Vorbereitung:
Lokalisation des Tumors und Vortherapie recherchieren
Flüssigen Stickstoff, sowie die Tüte mit Gewebescheinen; Tubes und Stiften bereit haben.
Gewebesammlung im Schnellschnitt
Gewebesammlung im Schnellschnitt
Nach Rückmeldung des Schnellschnitts geht eine Person zur Gewebeentnahme.
Arbeitsanleitung
4x 15 ml Falcons mit 12,2 ml Transportmedium (bis 9/2023 50 ml Falcon mit 15 ml) aus dem Kühlschrank im Schnellschnitt nehmen.
Bis 9/2023: Vorgelabelte Röhrchen aus dem Unterschrank nehmen und Probennummer auf Gewebeschein notieren.
Ab 9/2023: Röhrchen mit in den Schnellschnitt nehmen; zu vergebenen Probennummer vorher recherchieren und auf Gewebeschein notieren + Tubes labeln wenn klar ist, dass eine Gewebeentnahme erfolgen kann
Entnahmen durch den Pathologen:
| Kriterium | Beschreibung Planung | |
| Makroskopische Heterogenität | Falls makroskopisch unterschiedliche Regionen zu erkennen sind, bitte Proben aus den unterschiedlichen Regionen entnehmen. | |
| Vorbehandlung mit neoadjuvanter chemotherapy | Im Falle eines guten Ansprechens auf die neoadjuvante Therapie, möglichst eine Probe aus nicht-viablem Gewebe entnehmen. Rest aus viablen Bereichen. |
Mit einer Stanze 2x (für Frischgewebe und Fresh Frozen) je ein Stück Tumorgewebe entnehmen, welches horizontal in Mucosa- und Muskuläre (invasive) Seite geteilt und auf 2 Mediumröhrchen bzw. 2 Kryoröhrchen verteilt wird. Hierbei ist die Beschriftung T1 für die Mucosa und T2 für die Invasive Seite zu verwenden. (Pro 5 cm Durchmesser des Tumors wird eine Probe gesammelt.)
Mit einem Messer ein möglichst flaches Gewebestück aus dem tumornahen Normalgewebe, welches auf ein Mediumröhrchen und ein Kryoröhrchen aufgeteilt wird.
Dito für ein tumorfernes Normalgewebe.
wenn möglich Fotos der Blase/Entnahmestelle machen
Eintragen der Stücke in den Gewebeschein.
Eintragen der Patientendaten in die entsprechende Liste des Gewebeordners im Schnellschnitt.
Ggf. Lagerung der Fresh Frozen-Proben im TK des Schnellschnitts, sonst Mitnahme ins Labor und Lagerung in –70 °C TK.
Aufarbeitung im Labor
Aufarbeitung im Labor
1h
1h
Gewebe sollte, wenn möglich am selben Tag verarbeitet werden, kann aber maximal über Nacht bei 4°C gelagert werden
Zur Reduktion der Keimbelastung sollte das Gewebe 01:00:00 bei Room temperature inkubiert werden
1h
Das Gewebe wird im Labor in Stücke mit 1-2 mm Kantenlänge aufgeteilt.
Die Fragmente eines Tumorstückes mixen, damit jedes Aliquot möglichst repräsentativ für das Tumorareal ist.
Je 8 (Entscheidung vom 29.6.2023: 16) Fragmente werden in 1 ml Gefriermedium in einem Kryoröhrchen gelagert.
Falls genug Fragmente für mehr als 4 Kryoröhrchen vorhanden sind, können auch mehr Fragmente in einem Röhrchen vereinigt werden. Maximal werden 5 Kryoröhrchen jeder Entität eingefroren.
Proben über Nacht in Mr. Frosty einfrieren.
Am nächsten Tag werden die Kryoröhrchen in den Stickstofftank überführt und im Ordner “N2-Tank” dokumentiert.
Dokumentation
Dokumentation
Patientendaten in Datei hinterlegen und korrespondierende Liquidnummer eintragen: \\Charite.de\Centren\C08\UR\FO\Intern\PROBEN_PATIENTEN\01-Gewebe\Gewebe_FF\ Biobank_Gewebe_ab01012019.xlsx
In der Liquid-Sammelliste die korresspondierende Gewebenummer eintragen: \\Charite.de\Centren\C08\UR\FO\Intern\PROBEN_PATIENTEN\02-Liquid\Uro-Biobank\ Biobanking-lfdListe_ab190311.xlsx
In Labfolder die Vorlage “Tissue_Collection_Fragments” bzw. seit dem 15.5.2023 “Tissue_Collection_Fragments_new_15052023” ausfüllen und Bilder des Gewebebegleitscheins sowie des Entnahmeorts und des Gewebes vor der Aufarbeitung im Labor einfügen.