Apr 17, 2026

aDNA Extraction

DOI
https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.4r3l278p3g1y/v1
  • 1LIIGH-UNAM;
  • 2Instituto de Ecologia-UNAM
  • Paleogenomica
Ernesto Garfias
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DOI: https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.4r3l278p3g1y/v1
Protocol Citation: Viridiana Villa, Miriam Bravo, Ernesto Garfias, Laura Carrillo, Ale Castillo, Maria Avila 2026. aDNA Extraction. protocols.io https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.4r3l278p3g1y/v1
License: This is an open access  protocol  distributed under the terms of the  Creative Commons Attribution License,  which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited
Protocol status: Working
We use this protocol and it's working
Created: September 28, 2022
Last Modified: April 17, 2026
Protocol  Integer ID: 70643
Keywords: adna extraction this protocol, adna extraction, dabney
Disclaimer
This protocol is provided as-is and has been optimized in our laboratory conditions. Users should validate it for their own applications.
Abstract
This protocol is adapted and modified from Dabney & Meyer (2019).
Materials
Conical Reservoir 15 mL

Protocol materials
EDTA 0.5 MMerck MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)Catalog #E7889-100ML
Ultrapure Distilled, Nuclease Free Water
Tween 20Merck MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)Catalog #P9416-100ML
Proteinase KNEBCatalog #P8107S
PB bufferQiagenCatalog #19066
Phenol red solutionMerck MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)Catalog #P0290
Sodium acetate buffer solution 3M pH 5.2Merck MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)Catalog #S7899
Sodium chloride Merck MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)Catalog #S7653
Preparación de la muestra
1h
Limpieza y corte

  • Limpiar cada diente o hueso con una disolución de hipoclorito de sodio al 5%, seguido por etanol al 75%. Irradiar cada plano con UV de 256 nm (con un UVP CL-1000 crosslinker) durante 00:01:00 .
Equipment
UVP Crosslinker CL-1000
NAME
Crosslinker
TYPE
UVP
BRAND
UVP CL-1000
SKU
https://www.uvp.com/products/lab-equipment/uvp-crosslinker/
LINK
Wavelength 254 nm
SPECIFICATIONS
  • Con ayuda de un dremel y disco odontológicos, remover la superficie de la raíz de los dientes perfectamente. Con un disco limpio, realizar un corte transversal en la conjunción entre la raíz y el esmalte de la corona. Una vez desprendida la raíz, proceder a pesarla y registrarla. Envolverla en papel aluminio y pulverizarla con un martillo. Se debe evitar el calentamiento y daño al DNA.

  • La superficie de los huesos puede limpiarse con una fresa odontológica y con otra fresa limpia perforar para extraer la parte interna, hasta conseguir entre 100 mg y 200 mg de polvo de hueso.

  • En un microtubo de 2 mL, pesar entre 100 mg y 200 mg de polvo de hueso o fragmentos de raíz, según sea el caso. Etiquetar cada tubo tanto en la tapa como en parte lateral con el ID del individuo acompañado la letra "A" y la fecha.

  • Guardar el polvo de hueso o fragmentos de raíz restantes en un segundo tubo. Etiquetar con la misma leyenda pero con la letra "B".

1h 1m
Preparación de reactivos
1h
Preparación de reactivos

La preparación de los Buffers puede realizarse con dos días de anticipación a la fecha de extracción.

Se necesitan los siguientes reactivos:
EDTA 0.5 MMerck MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)Catalog #E7889-100ML
Ultrapure Distilled, Nuclease Free Water
Tween 20Merck MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)Catalog #P9416-100ML
Proteinase KNEBCatalog #P8107S
PB bufferQiagenCatalog #19066
Phenol red solutionMerck MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)Catalog #P0290
Sodium acetate buffer solution 3M pH 5.2Merck MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)Catalog #S7899
Sodium chloride Merck MilliporeSigma (Sigma-Aldrich)Catalog #S7653

Buffer de lisis

Note
Como el Buffer de lisis se utiliza tanto para la predigestion como para la extracción se puede preparar para el doble de muestras y así cubrir ambos procedimientos.

En un tubo de 50 mL mezclar los siguientes reactivos por cada muestra:
Buffer de lisismL por muestramL por X muestras
EDTA 0.5 M0.9000
H200.0745
Tween 200.0005
Total0.9750
Buffer de Lisis
Tomar la mitad del contenido para el tubo de predigestión y el restante guardarlo para la digestión.
  • Exponer 00:05:00 con UV antes de añadir 25 µL proteinasa K 10 mg/mL (almacenar a temperatura ambiente, máx. 1 año).


5m
Buffer de Unión

Para el buffer de unión se requieren los siguientes reactivos:
Buffer de uniónmL (*para 39.4 muestras)
PB buffer 500
Fenol rojo0.5
NaCl 5M2.5
Acetato de Sodio 3M9
Total512
Buffer de Unión
Para el buffer de unión se requieren los siguientes reactivos
*Preparar en la misma botella dePB bufferQiagenCatalog #19066 . Ese volumen total rinde para 39.4 muestras. Ya que se utilizan 13 mL por cada muestra.
30m
Digestión
18h 20m
Predigestión

Añadir a cada tubo con la muestra osteológica (A), 1 mL de buffer de Lisis + 25 µL de Proteinase KNEBCatalog #P8107Sc por cada muestra (al momento de su uso).
10m
Predigestión

Incubar en rotación a 38 °C durante 00:20:00 .

Centrifugar2000 x g, 00:05:00 .

Transferir y guardar el sobrenadante en un microtubo de 1.5 mL nuevo. Etiquetar adecuadamente y almacenar a -20 °C .

50m
Digestión y descalcificación

A cada tubo original (donde se encuentran los fragmentos o polvo de huesos) añadir 1 mL de buffer de lisis + 25 ml de proteinasa K.

Incubar a 37 °C en rotación Overnight (~16h) .

16h
Aislamiento, Lavado y Elución
32m
Aislamiento del DNA

Centrifugar los tubos de la digestión a 2500 x g, 00:05:00 .

  • Etiquetar un tubo de 50 mL y columnas miniElute (Qiagen) para cada una de las muestras.

  • Unir con papel Parafilm el reservorio (Zymo) y la columna MinElute. Colocar dentro de un tubo de 50 mL. Conservar los tubos colectores de 2 mL para más tarde.

Con la propipeta automática y una pipeta de 10 mL, agregar a cada reservorio 10 mL de Buffer de Unión. Añadir ~1 mL del sobrenadante de la reacción de digestión y mezclar por pipeteo entre 10 a 13 veces.
Safety information
Evitar tomar restos de tejido ya que pueden tapar la columna del paso posterior.


  • Colocar la tapa del tubo de 50 mL, sellar con parafilm y centrifugar a 250 x g, 00:15:00 . Observar y, de ser necesario, centrifugar nuevamente a 250 x g, 00:05:00 o hasta que haya pasado todo el volumen a través de la columna MinElute.
Note
Encender el termobloque y poner a 65 °C . Incubar el buffer de elución TET hasta su uso.



25m
Lavado
  • Retirar el parafilm y el reservorio, tomar la columna MinElute y colocarla en el tubo colector de 2 mL (reservado anteriormente).
  • Si quedo volumen del buffer de union con la muestra Centrifugar a 3000 x g, 00:02:00 ..

  • Añadir 720 µL de Buffer PE a la columna MinElute y centrifugar a 13000 x g, 00:01:00 .
  • Desechar el líquido del tubo colector.
  • Repetir los dos pasos anteriores nuevamente.
  • Desechar el líquido del tubo colector y centrifugar nuevamente a 16000 x g, 00:01:00 para eliminar el líquido de las paredes.

4m
Elución
  1. Tomar un tubo colector nuevo para cada muestra.
  2. Transferir la columna MinElute al tubo colector nuevo.
  3. Agregar 27 µL de buffer TET (Previamente calentado a 65ºC) en el centro de la columna MinElute, sin tocar el filtro.
  4. Incubar a Room temperature por 00:02:00 .
  5. Centrifugar 16000 x g, 00:01:00 .
  6. Repetir desde el paso 3. El volumen total obtenido de aDNA es de ~54 µL .
  7. Sacar y etiquetar (etiquetas impresas) tubos de 1.5 mL nuevos.
  8. Desechar la columna y transferir el producto de la elución a al tubo de 1.5 mL nuevo y etiquetado.
  9. Medir la concentración en un Qubit.
Equipment
Qubit
NAME
Flurometer
TYPE
Invitrogen
BRAND
Q33228
SKU
https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/Q33228
LINK







3m
Protocol references
Meyer, M., & Kircher, M. (2010). Illumina sequencing library preparation for highly multiplexed target capture and sequencing. Cold Spring Harbor Protocols. doi:10.1101/pdb.prot5448